1999年，由原管理系和经济信息系部分专业组建成立，最初命名为管理科学与工程系。

2003年，学校系部调整时更名为管理科学与工程学院。

2009年，获批管理科学与工程一级学科硕士学位授权点建设立项。

2013年，管理科学与工程一级学科硕士学位授权点通过国务院学位委员会验收。

2014年，正式开始招生培养硕士研究生。

2019年，成立山东应急管理学院，挂靠管理科学与工程学院合署办公。

2021年，与烟台市应急局合作共建烟台市应急与安全管理学院。